Bas-Canada. Secrétaire des affaires indiennes et agent à demeure : En 1825, le lieutenant-colonel D.C. Napier a été nommé agent à demeure pour les Affaires indiennes à Montréal. Il a également assumé le poste de Secrétaire des Affaires indiennes dans le bureau de sir John Johnson, surintendant général et inspecteur général des Affaires indiennes, situé à Montréal. Avec la nomination, en décembre 1826, du major général H. C. Darling à titre de surintendant général adjoint des Affaires indiennes (qui, en pratique, a assumé les fonctions de Johnson, le dirigeant du ministère des Indiens dont la santé était fragile), Québec, où résidait Darling, est devenu le centre névralgique de l'administration des Affaires indiennes. Napier a conservé le commandement des opérations à Montréal. En 1828, le ministère des Indiens a subi une nouvelle réorganisation. Le bureau du surintendant général et inspecteur général des Affaires indiennes et celui du surintendant général adjoint ont été abolis. Darling, qui avait occupé le poste d'adjoint, a été nommé surintendant en chef, un poste créé pour remplacer celui de surintendant général et d'inspecteur général des Affaires indiennes. Darling est parti presque aussitôt pour l'Angleterre et Napier a occupé ses fonctions pendant son absence, tout en restant à Montréal et en conservant son poste d'agent à demeure et de secrétaire des Affaires indiennes. En 1830, le ministère des Indiens du Haut-Canada a été séparé de celui du Bas-Canada. Le ministère des Indiens du Bas-Canada a été placé sous l'égide du secrétaire militaire à Québec. Napier y a été muté au bureau du secrétaire militaire, afin d'assumer le poste de secrétaire des Affaires indiennes, sous la direction du secrétaire militaire. A la fin de l'année 1840, Napier est retourné à Montréal mais il a continué d'y exercer ses fonctions de secrétaire des Affaires indiennes. Lors de l'union du Haut-Canada et du Bas-Canada, l'administration centrale du ministère des Indiens est restée dans la capitale mais Napier, secrétaire des Affaires indiennes, responsable des Affaires indiennes dans le Canada-Est, est resté à Montréal. Le poste de secrétaire des Affaires indiennes constituait, en fait, le poste le plus important au sein du ministère des Indiens du Canada-Est, car le secrétaire était responsable de l'intendance globale des nombreuses tribus d'Indiens de cette partie de la province du Canada. Il était également chargé de s'occuper des plaintes formulées par les Indiens, de superviser les agents locaux, de vérifier les livres comptables, de visiter les écoles, de conserver les documents du bureau des Indiens et de faire des comptes rendus au Gouverneur général au sujet des activités du ministère des Indiens dans le Canada-Est. De nombreux ministères du gouvernement colonial ont été réorganisés au moment de l'Union. La gestion des Affaires indiennes, cependant, n'a pas fait l'objet d'une restructuration immédiate. En effet, le Gouverneur général, sir Charles Bagot, a préféré nommer, en octobre 1842, une grande commission d'enquête chargée d'étudier les activités du ministère des Indiens dans le Canada-Est et dans le Canada-Ouest. La Commission Bagot a rendu ses conclusions en janvier 1844. La réorganisation subséquente de l'administration des Affaires indiennes a engendré la nomination du secrétaire civil du Gouverneur général comme responsable principal du ministère des Indiens, à titre de surintendant général des Affaires indiennes. Au sein de cette nouvelle structure organisationnelle, Napier a cependant conservé un poste de supervision (à titre de surintendant en visite) sur les Affaires indiennes dans le Canada-Est, jusqu'à sa retraite en 1857.
