Les papiers de l'Amirauté fournissent un reflet de l'activité maritime et commerciale de Louisbourg. On peut y suivre le mouvement des vaisseaux entre l'Ile Royale et la France, Québec ou la Nouvelle-Angleterre. Il s'y rencontrait aussi des navires d'Espagne, de Hollande et d'Angleterre. Voici une description succinte des documents de l'Amirauté de Louisbourg:
Registres: -B265. Sentences, confiscations, arbitrages, 1718-1724 (microfilm F-428); -B266-267. Ventes et acquisitions de bâtiments de mer, 1730-1733, 1733-1739 (microfilms F-429 et F-430); -B268. Audiences et jugements civils, 1731-1734 (microfim F-431); -B269. Actes d'affirmations, interventions, productions, 1731-1744 (microfilm F-432); -B270-271. Edits, ordonnances, règlements, commissions et installations d'officiers, réceptions de maître-pilotes, 1733-1740, 1749-1754 (microfilms F-433 et F-434); -B272. Rapports de capitaines, déclarations de prises et de cargaisons, 1742-1743 (microfilm F-435); -B273. Jugements pour fait de commerce étranger, 1750-1755 (microfilm F-436); -B274-275. Enregistrement de billets, lettres de change, engagements, factures, quittances, 1730-1735, 1738-1744 (microfilms F-436 et F-437); -B276. Ventes et acquisitions de bâtiments de mer, 1739-1743 (microfilm F-438); -B277. Sentences, 1726-1728 (microfilm F-439); -B278. Audiences, 1737-1738 (microfilm F-440); -B279. Ventes et acquisitions de bâtiments de mer, 1743-1745 (microfilm F-440); -B280. Procédure criminelle entre Charles Le Roy, demandeur, et Jean Guillebeau et Jacques Bursier, défendeurs, 1727 (microfilm F-441); -B281-282. Rôle des officiers et habitants de l'Ile Royale et de Québec qui ont obtenu subsistance à La Rochelle, août 1761 et novembre 1762 (microfilm F-441); -B283. Passagers de Saint-Pierre et Miquelon à La Rochelle, 1778 (microfilm F-441).
Liasses: -B6109. Arrêts et règlements, 1718-1743 (microfilm F-445); -B6110. Correspondance générale, 1720-1744 (microfilm F-445); -B6111. Réception de capitaines, pilotes, hauturiers, maîtres de navires, 1726 (microfilm F-445); -B6112-6115. Ventes de navires, rapports et procédures diverses, 1727-1750 (microfilms F-446 à F-449); -B6116. Enregistrement des congés de cabotage, 1750-1751 (microfilm F-450); -B6117. Soumissions de "plèges" (applègements) et cautionnements, 1752-1754 (microfilm F-450); -B6118. Procès-verbaux des visites de navires, 1757 (microfilm F-450); -B6119. Plumitif pour servir à l'enregistrement des causes d'audience, 1756-1758 (microfilm F-450); -B6120. Visites de bâtiments prêts à faire voile, descentes à bord des navires à leur arrivée, changements de pavillons et de jauge, 1754 (microfilm F-451); -B6121. Pièces diverses: conduites de matelots naufragés, inspections de navires et de marchandises avariées, ventes de vaisseaux, inventaires et procédures diverses, 1754 (microfilm F-452); -B6122. Ventes de vaisseaux, de poissons et d'huiles; attributions de prises; vente d'un nègre aux enchères, 1756 (microfilm F-453); -B6123. Procédure Larcher vs Chenu, au sujet du naufrage du navire le Prince; armement de corsaires, adjudications et ventes de prises, estimations d'avaries, 1757 (microfilm F-453); -B6124. Adjudications et ventes de prises, armements de corsaires, audiences, visites de bâtiments prêts à partir pour le cabotage, 1756-1758 (microfilm F-454); -B6125. Mesures prises par le lieutenant-général de l'Amirauté et inventaire des papiers, 1758. Quittance donnée à Meyracq par le greffier Reynaud, de La Rochelle, à la réception des papiers de l'Amirauté de l'Ile Royale, 1767 (microfilm F-454).
Les transcriptions sont conservées dans les contenants suivants: registres B265 à B268, contenant 3; registres B269 à B273, contenant 4; registres B274 à B278, contenant 5; registres B279 à B283 et liasses B6109 à B6113, contenant 6; liasses B6114 à B6119, contenant 7; liasses B6120 à B6125, contenant 8.
Amirauté de Louisbourg : L'Amirauté de l'Ile Royale, établie à Louisbourg, fonctionna de 1718 à 1758, sauf pendant l'occupation anglaise, de 1745 à 1749. Son personnel comprenait un lieutenant-général, un procureur du roi, un greffier, un receveur et un huissier. Le lieutenant nommait des subdélégués à Port-Dauphin et Port-Toulouse.
Les attributions de cette cour, réglées par l'ordonnance de la Marine de 1681, furent précisées ensuite par des règlements spéciaux en 1720, 1735 et 1743. Son rôle administratif consistait à distribuer les congés pour les voyages au long cours, la pêche et le cabotage, à enregistrer les ventes de navires, les avaries et les naufrages. Comme tribunal judiciaire, elle jugeait les contestations entre marins ou entre armateurs, surveillait le commerce étranger et confisquait les marchandises et navires de contrebande. En temps de guerre, elle s'occupait d'informer sur la validité des prises et de percevoir le droit du dixième au nom de l'Amiral.