La Compagnie des Indes Occidentales est créée en 1664 par Louis XIV et dirigée par son ministre des Finances, Jean-Baptiste Colbert (1619-1683). La nouvelle compagnie doit fournir à l'État les revenus nécessaires pour financer les vastes projets architecturaux du roi et les guerres que livre la France en Europe. Les territoires, qui l'approvisionnent, incluent les Caraïbes, l'Afrique, Terre-Neuve, l'Acadie et le Canada. Suivant les grands principes économiques du mercantilisme, Colbert exige que les représentants de la compagnie encouragent la colonisation et l'exploitation des matières premières destinées aux marchés français qui, après transformations, sont exportées vers les marchés extérieurs afin d'augmenter les fonds publics.
Premier représentant de la nouvelle compagnie, le Marquis Alexandre de Prouville de Tracy (1602-1670), lieutenant-général dans toute l'Amérique, arrive à Quebec en 1664. Sa première mission est de rétablir l'autorité royale et de faire respecter les privilèges de la Compagnie. Par ordre de Louis XIV, le Marquis doit d'abord résoudre le problème avec les Iroquois, nation amérindienne très hostile à la colonie, dont les attaques fréquentes menacent la sécurité de la Nouvelle-France. Après avoir instauré la paix au moyen de plusieurs expéditions militaires en territoire iroquois, il retourne en France en 1667. La Compagnie des Indes Occidentales gère le destin de la colonie jusqu'en 1674, moment où le Roi décide de l'abolir.
Pendant la gestion de la compagnie, sous deux gouverneurs, Rémy de Courcelle (1626-1698) et Louis Buade de Frontenac (1622-1698), et deux intendants, Jean Talon (1625-1694) et Claude de Bouteroue (1620-1680), la colonie est dotée d'une structure administrative sur le pied des institutions provinciales de la métropole, elle peut donc être dirigé directement par le pouvoir royal au même titre qu'une province de France.