La sous-série se compose de documents du système de gestion connu sous le nom de système de dossiers secrets. Ces documents sont conservés en parallèle au système de gestion de dossiers non classifiés (les deuxième, troisième et quatrième systèmes centraux de gestion des dossiers et les dossiers de cas de l'administration centrale) afin de protéger les documents classés comme " confidentiels ". Cette sous-série porte sur plusieurs sujets semblables à ceux traités dans les dossiers-matière non classés, même si les sujets ayant trait à la sécurité et à l'exécution de la loi dominent. Le système de dossiers secrets semble avoir été créé au milieu des années 50 et a été utilisé jusqu'en 1987. La majorité des dossiers reçu aux Archives nationales datent de 1945 à 1980 mais renferment un petit nombre de documents antérieurs ou ultérieurs à cette période.
Les volumes de cette sous-série contiennent une sélection de dossiers-matière et de dossiers ressemblant à des dossiers de cas du système secret, datés surtout de 1945 à 1980. Les sujets traités touchent aux nombreuses facettes de la loi et de la politique d'immigration, particulièrement aux questions sur la sécurité et la mise en application de la loi de l'immigration.
Les tâches du programme d'immigration pour la période en question englobaient la responsabilité des examens de sécurité des immigrants éventuels et des visiteurs au Canada pour s'assurer qu'ils pouvaient s'établir dans le pays, ou le visiter. Ces examens s'étendaient souvent également aux organismes, partis politiques, entreprises, groupes culturels, conférences ou autres événements ou entités où des immigrants entraient en scène. Le processus d'enquêtes de sécurité ne touchaient non seulement l'administration centrale de l'immigration et le personnel du bureau local, mais également des organismes étrangers ou canadiens d'exécution de la loi; la Gendarmerie royale du Canada (GRC) et le Service canadien du renseignement de sécurité (SCRS); des comités spéciaux ministériels et interministériels fédéraux sur la sécurité; et le Cabinet canadien.
Par conséquent, les dossiers du système secret renferment des documents sur la politique et l'exploitation de la loi, la politique et les procédures d'immigration généralement en rapport avec la sécurité en matière d'immigration; des enquêtes sur des groupes spécifiques, des événements ou des problèmes; et sur des déclarations sur des questions de sécurité faites au gouvernement par des partis privés. Ces dossiers comprennent des documents sur les soumissions formelles au Cabinet et des décisions du Cabinet; sur le Conseil et sous-comités d'immigration et divers comités gouvernementaux et groupes de travail sur la politique et les procédures de sécurité après la Seconde Guerre mondiale; sur la révision de procédures de sécurité au sein de l'administration centrale de l'immigration et bureaux spécifiques à l'étranger; des enquêtes spéciales sur les irrégularités touchant le personnel de l'immigration et du trafic d'immigrants clandestins à grande échelle; et autres sujets spécifiques.
Dans ces dossiers, parmi les personnes ou les groupes qui ont suscité l'intérêt de l'immigration, il y a plusieurs groupes ethniques (comme les Indiens d'Amérique du Nord, les Noirs et les Chinois canadiens); des personnes assistant à des conférences universitaires ou participant à des rassemblements pour la paix et des réunions politiques; des diplomates étrangers en visite, des politiciens, du personnel militaire y compris les groupes d'américains travaillant à la construction de la Défense, les transporteurs de marchandises à l'étranger et matelots, et représentants de commerce du Rideau de fer; travailleurs et entrepreneurs étrangers amenés par des entreprises canadiennes; personnes participants à des visites d'échange avec la Chine, Hong Kong et l'URSS; et immigrants clandestins suspects, agitateurs ou terroristes en rapport à l'Expo 67, aux émeutes de l'Université Sir George Williams et à la Crise d'octobre de 1970.
Le système de dossiers secrets a été créé, à proprement dit, pour être un système nominal de dossiers de cas secrets. Par la suite, il s'est transformé en une série de cas et de sujets variés, et des documents d'actualité sur les événements, questions ou organismes concernant des particuliers sont venus à dominer certains des dossiers. A un moment donné, les dossiers secrets ont commencés à être ouverts principalement pour contenir la correspondance classée par sujets.
Des efforts ont été déployés afin de restaurer les dossiers et les ramener à leur première raison d'être (qui étaient d'être des dossiers de cas) à diverses périodes entre 1975 et la fin de 1983. Certains dossiers-matière actifs et inactifs ont été enlevés du système de dossiers secrets et fusionnés avec les dossiers appropriés dans le bloc de dossiers-matière 5000 (voir la sous-sous-série des dossiers classifiés du bloc 5000, MIKAN 161304, RG76-B-1-c-ii pour la partie de cette série transférés aux Archives nationales). Les autres ont été gardés à titre de dossiers secrets. De plus, d'autres ont été transférés aux Archives nationales sans être changés; ceux-ci se trouvent dans la série B-2. Tous les dossiers secrets qui ont été mêlés avec le bloc 8000 actuel (quatrième système de gestion central) demeurent entre les mains du Ministère.
Les dossiers secrets qui se trouvent aujourd'hui aux Archives nationales comprennent à la fois des dossiers-matière et des dossiers de cas ou semblables à des dossiers de cas. Ils sont numérotés dans la forme suivante : SF-[A to Z]-xxx. La deuxième inscription est la première lettre du titre du dossier, le nom de l'organisme ou le nom de famille de l'immigrant. La troisième inscription est un numéro de séquence simple attribué lors de l'ouverture du dossier. Les seules exceptions demeurent les dossiers secrets sur l'immigration de pays particuliers : ceux-ci ont été numérotés SF-xxx, la deuxième inscription étant le code géographique du pays (tel qu'il a été donné dans le deuxième manuel de dossiers du système de gestion central, instrument de recherche 76-13). Ce dernier groupe, en tout ou en partie, n'existe plus; les dossiers semblent avoir été intégrés avec les dossiers appropriés et classifiés du bloc 5000 (MIKAN 161304, RG76-B-1-c-ii).